第一部分
教育部专项计划案例
北京大学、清华大学与北京生命科学研究所联合培养博士研究生的案例（PTN联合项目）
案例提要
联合培养合作方：北京大学、清华大学
联合培养合作方：北京生命科学研究所
联合培养的学科领域：生命科学
联合培养起始时间：2009年10月
联合培养工作主要创新：
创新1：PTN联合项目集中国内最优质的教学科研资源，与国际一流大学接轨。以学生为本，实现体制创新，由PTN联合项目委员会全面负责自主招生、培养、管理和毕业等工作。
创新2：实行招生中的申请审核制度，重点考核学生学科基础知识和科研潜力。引入申诉制度，逐步改善生源结构，增强对学生的吸引力，向国际化发展。
创新3：借鉴国际通行做法，构建基于前沿的课程模块动态优化机制，调动导师和学生双方积极性。
创新4：开展广泛的实验室轮转制度，导师与学生双向选择。
创新5：在博士生资格考试、中期考核和学位论文答辩中，均实施导师回避制度，依据专家委员会决议考察学生水平。
案例正文
一、合作概述
1．开展联合培养工作的缘因
北京大学生命科学学院和清华大学生命科学学院均是具有悠久历史的学院，是我国最具特色和最有影响力的生命科学研究和教学基地之一。清华大学医学院成立于2001年，在生命科学研究领域很有影响力。北京生命科学研究所成立于2005年，为促进我国生命科学发展而建立，肩负着进行原创性基础研究和培养优秀科研人才的重任，在短短的几年时间内已在国际学界取得重要的学术影响力。
为了充分聚集和利用各方在教学、师资和科研方面的优势教育资源，为博士生培养创造优势条件，提高博士生的科研创新能力，北京大学、清华大学和北京生命科学研究所三家单位整合在生命科学研究领域的优势，积极探索联合培养博士生的创新培养模式。2009年经教育部批准《关于支持北京大学、清华大学和北京生命科学研究所开展博士生招生、培养机制改革试点工作的通知》（教研函〔2009〕3号），建立了生命科学和生物医学博士研究生联合培养项目（简称PTN联合项目），旨在培养生命科学领域具有国际竞争力的高水平博士研究生。该项目自2010年开始招生培养。这是积极探索具有中国特色、国际水平的博士研究生培养模式改革的重要尝试。
2．联合培养预期目标
整合北京大学、清华大学和北京生命科学研究所三家单位在生命科学研究领域的优势，探索新型、与国际接轨的博士研究生招生和培养机制，培养一流生命科学工作者，同时也促进三家单位在学术研究上的深层次合作。
项目预期在几个方面对现有研究生教育具有促进和推动作用：
（1）选拔和培养拔尖创新人才。
（2）充分发挥高等学校、科研院所和导师的积极性和主动性。
（3）对改革招生录取制度，以及转变培养模式具有积极的示范作用。
（4）培养具有国际视野和竞争力的高水平博士研究生，提升我国生命科学研究的国际地位。
3．联合培养规模
按教育部要求，PTN联合项目目前已完成2010—2013年共4年的招生计划（50、60、80、80），在校学生规模达到190人。
二、管理机制创新
1．管理组织形式与协作沟通机制
PTN联合项目由北京大学、清华大学和北京生命科学研究所的三位负责人饶毅、施一公和王晓东组成PTN联合项目顾问组。具体实施由3家单位的各3位共9位教授组成PTN联合项目委员会，该委员会下设3个分委员会，分别是：招生委员会、课程委员会和培养委员会。招生委员会由来自三家单位的各1名教授组成，主要负责每年的4、5月份开始招生宣传，到6月份从各地学生递交的申请材料中，组织3位教授进行初筛，然后7、8月份组织面试等工作。课程委员会也是由来自3家单位的各1名教授组成，主要负责遴选导师上报的课程，目前按照两层次实施模块化教学组织。培养委员会也是由3家单位各1名教授组成，主要负责学生的实验室轮转、博士生资格考试、学生论文指导委员会，以及未来的学位答辩委员会的组织和管理工作。
PTN联合项目的行政事务管理由一名设在生命科学研究所的专职秘书和北大、清华的兼职教务组成的PTN联合项目办公室具体执行。项目办公室在项目委员会指导下，负责联合项目的日常管理、3家单位间的沟通协作、与学生及教师的沟通等工作。
PTN联合项目委员会非常重视项目运转情况，一学期课程结束时，学生轮转将要完成时等阶段，分别对教师和学生做无记名的问卷调查。在重要事情上广泛征求项目内教师和学生的意见，并且根据反馈及时召开委员会会议，实时商议和决定项目的诸多具体操作和细则，并根据项目实践中遇到的情况和反馈作出及时调整，确保项目按预订的宗旨和目标良好运行，同时总结出在改革尝试中得到的有益经验。到目前为止，PTN联合项目委员会已召开6次会议，对招生办法、培养制度等重大问题进行集体讨论，达成共识。
2．联合培养招生计划制定与分配
由教育部每年单独安排博士生招生计划，分别下达北京大学和清华大学，专门用于PTN联合项目。2010—2013年的招生计划分别为50名、60名、80名、80名，其中北京大学和清华大学学籍各占一半。
经过实验室轮转确认导师后，在三家单位进行论文研究的博士生大约各占1/3。
3．学生管理
PTN联合项目研究生分别在北京大学和清华大学单位入学注册，拥有北京大学或清华大学学籍。PTN联合项目学生由PTN联合委员会统一管理，同时遵守学籍所在单位的规定。
PTN学生在北京大学有单独的班级建制，并设男女班长两人；2011级清华大学学籍的PTN学生与传统博士生组成一个班级；2012级清华大学学籍的学生单独组成一个班级。
鉴于探索性研究工作的特殊性和不可预期性，研究生培养不设具体学年制，但一般为4～7年。无因病休学等特殊原因，超过7年未能完成博士毕业论文或者博士毕业论文答辩未通过的学生，如果已经有硕士学位，按博士研究生结业处理；如果没有硕士学位，且答辩委员会认为达到硕士毕业论文水平，可授予硕士学位；如果未达到硕士毕业论文水平，则按硕士研究生结业处理。PTN联合项目学生研究生期间有助研津贴，同时可以申请学籍所在单位的奖学金。
PTN联合项目学生住宿原则上由学生论文指导教师所在单位统一安排。但是受合作单位办学空间的影响，目前状况是，选择生命所的PTN研究生，无论学籍在哪里，由生命所提供集体宿舍。选择北京大学或者清华大学导师，按照学籍所在单位安排集体宿舍。
4．指导方式和导师确定
PTN导师确定取决于“师生双向选择”。第一，要成为PTN联合项目导师，教授必须向PTN课程委员会提供每学期8课时模块课程，教授一般结合自己的研究方向，在专业基础模块和前沿讨论课模块提交自己上课的大纲，经过课程委员会的综合考虑。委员会根据开课方向中模块组合的系统性、关联性等，筛选开设课程。每学期所有课程结束后，学生将评价和推荐课程。
第二，要成为PTN联合项目导师，教授还要接受学生进入实验室轮转。每一名学生原则上必须完成3轮有效轮转，每轮轮转时间为两个月，由轮转导师考核通过计为一轮有效轮转。轮转分为正式（开学后的轮转，以及老师和学生都同意作为正式轮转的本科四年级毕业设计）和非正式轮转（老师和学生没有约定为正式轮转的毕设，但需要导师开具非正式轮转证明）。2012年开始要求每个实验室最多一共可以有4个正式轮转的学生，每个学生的最终轮转（包括正式和非正式），必须在3家单位中的每家至少有一次。3轮轮转后仍不能确定导师的学生，需提交报告，经培养委员会同意后，可以进行第4轮轮转。第4轮轮转后仍不能确定导师者，由培养委员会决定学生的去留。
导师和学生确定师生关系后，签订导师接收函，规定导师与学生之间的权利与义务。
第二学年下学期，研究生进行博士生资格考试，通过资格考试的学生，PTN联合项目将依据学生研究方向，成立包括其导师在内的熟悉其课题情况的3～5名教授组成论文指导小组。该研究生每年向其论文指导小组至少做一次课题进展情况汇报（书面和口头），论文指导小组老师尽可能对研究生课题提出建设性意见，以帮助该研究生尽快取得课题进展。
5．培养方案制定
PTN联合项目内各专业具体培养方案，由3家单位共同研究制定。联合项目培养委员会在符合学位授予单位基本要求的基础上，听取3个单位的教授和学生的意见，吸取先进的经验，通过召开会议，反复敲定后，制定培养方案，并在实践中优化。
6．学位评定与授予
研究生毕业需完成规定的必修课程和学分要求，但没有统一的发表论文的最低要求。研究生研究课题进展达到什么程度可以毕业，由研究生和其导师协调商量，达成一致意见报PTN培养委员会批准。当研究生和其导师发生意见分歧时，由培养委员会咨询导师、学生及论文指导小组的老师的意见进行调解，如不能调解，由导师所属单位负责研究生培养的院长（所长）裁定。研究生在4个学年结束后，征得导师和培养委员会同意，可申请毕业论文答辩，但具体毕业和授予学位时间服从北京大学或清华大学学位管理的具体要求。
7．其他
PTN联合项目研究生发表成果时，按照生命科学论文发表和专利申请等的通行做法，从事具体研究工作的学生一般为第一作者，署名单位为学生学籍所在单位；而该研究生的指导教师一般为论文通讯作者，通讯作者单位为导师所在单位；知识产权归属导师所在单位。
三、培养过程创新
1．招生方式
面向国内外招生，对学生来源没有过多限制，可以是应届本科生、往届本科生、硕士生等。招生选拔以申请审核和面试相结合。
具体来说，由PTN招生委员会联合发布招生简章；招生委员会根据申请者本科成绩单、专家推荐信、自述等选拔相对优秀的申请者，并通知优秀申请者参加面试考核。考核一般安排在每年的7、8月份，分两次进行。期间正逢3家单位各自组织暑期夏令营活动，一般在夏令营里会进行PTN联合项目宣传。
面试小组由5～7位来自3家单位的教授组成，考核学生的基础知识准备和学术研究潜能，招生委员会根据学生的面试成绩排名由高到低录取优秀学生。这种招生方式能够综合多位老师对学生的评价和判断，规避了单个导师对学生评价的偏颇。
对于没有得到面试考核机会的申请者，招生委员会还引入了申诉制度，在最大程度上为录取到真正有潜力的优秀学生提供了机制上的保证。在2011年的招生中，有24名学生申诉，经过招生委员会复查，有5名学生通过申诉获得第二批面试的资格；在2012年的招生中，有45名学生申诉，经过招生委员会复查，最终18名通过申诉获得参加第二批面试的资格。
面试一星期内将发放联合项目初步录取通知。接到初步录取通知的考生在经过慎重考虑后，须在规定时间前决定是否接受录取，并和联合项目签订录取意向书。已签订录取意向书的考生在无特殊原因的情况下应遵守承诺按时入学，以避免给联合项目招生带来不必要的工作难度。
第二年6月对已签订录取意向书的考生进行资格复审，复审内容在初步录取通知上有详细说明，通过者发北京大学或清华大学研究生院报到注册要求的正式录取通知书，资格复审未通过者不发放正式录取通知书。
2．课程设置及教学
课程学习是研究生提高专业知识的重要途径。为给博士生进行科学研究奠定尽可能充分的基础，博士生课程体系需要兼具基础性、前沿性和宽广性，课程教学要使博士生有实质性收获。
项目结合国外优秀大学的课程设置情况，设计新型的研究生课程体系，具有分层次、模块化的设置特点，既覆盖生命科学领域重要的基础知识，同时引入本领域及相关领域的最新前沿动态。专业课程设置分两类，第一类为专业基础课，第二类为讨论进展课，每类课程采用模块设置。
第一类课包含现代生物学基础1和现代生物学基础2两门课，这两门课围绕生命科学领域的各大学科，如生物化学、生物物理学、细胞生物学、遗传和发育学、神经生物学、系统生物学等设置16个模块，每个模块一般由一名教授主讲一个专题。研究生可以根据自己的水平、兴趣和专业方向选择模块，选修通过其中12个模块即可获得该类课程的学分。
第二类讨论进展课分4个方向，分别是：① 分子细胞生物学进展；② 遗传发育生物学进展；③ 分子细胞生物学专题讨论；④ 遗传发育生物学专题讨论。每个方向由不同老师结合其专业背景提供的约12个模块组成，研究生根据自己需要从中选择6个模块。
模块化课程的选修制度，不仅充分地考虑了学生的兴趣，给予了学生极大的选择自由度；同时，由于项目规定导师必须承担项目的授课任务，教师承担着本人被学生选为导师、讲授课程被学生选择的双重压力，激发了教师对课程教学的更深投入，不仅有利于提高课程质量，同时有利于教师的个人成长。
3．学术实践训练
为进一步拓宽联合项目研究生的知识面和研究领域，使学生有机会了解生命科学和生物医学当前研究的前沿热点，PTN联合项目还设立每年两次由学生组织的前沿学术研讨会。研讨会由学生设定专题，组织和邀请报告人，PTN联合项目委员会的教授为学生提供各种咨询和尽可能的帮助。研讨会轮流在3家单位举行，促进了学生和3家单位相关研究领域教授间的学术交流，受到了学生的欢迎，也取得了非常好的效果。
此外，PTN学生可以参加3个单位组织的各种国内外专家的讲课和讲座。
4．论文工作
论文选题由导师负责，项目培养学生和论文工作的经费均从科研经费中来，所有学生在第二学年下学期参加博士生统一资格考核，考核由5位教授组成的考核小组执行，考核内容除鉴定学生的知识掌握情况外，更重要的是看学生是否具有良好的研究思维和一定的解决科研问题的能力。考核通过的学生将正式转为博士研究生继续培养，未通过的学生在第三学年上学期参加第二次考核。两次考核都未通过的学生可选择继续攻读硕士研究生或退学。
每一名研究生在通过博士资格考核后，成立包括其导师在内的熟悉其课题情况的3～5名教授组成的论文指导小组，小组成员至少包括1名三方之外的外单位老师。该研究生应每年向其论文指导小组至少作1次的课题进展情况汇报（书面和口头），论文指导小组老师应尽可能对该研究生的课题提出建设性意见，以帮助该研究生尽快取得课题进展。
研究生在4个学年结束后，征得导师和培养委员会同意，可申请毕业论文答辩，但具体毕业和授予学位时间服从北京大学或清华大学学位管理的具体要求。
四、联合培养工作评述
1．联合培养工作各方反馈
导师认为：首先，传统的研究生培养模式基本上以导师为主体，学生没有太多发言权，课程学习、研究方向、课题选择太多由导师所决定，形成了“导师是老板，学生是导师的打工仔”的情况，在这种模式之下，处于劣势的学生的收获会打折扣。PTN联合项目的目的就是为了打破这种模式，切实做到以学生为本。
其次，PTN模式还改善了传统的研究生课程体制。传统的课程体制，学生对于上课老师，没办法太挑剔，即使有意见，也对导师上课产生不了太大的影响。而在PTN模式下，导师如果想要带PTN的学生，必须申请给PTN学生上课，必须参与到实验室轮转，使导师数量远多于学生，教师为了争取招到学生，就必须注重上课的质量，在实验室方面积极安排轮转给学生。形成“学生选导师”的机制，也使得导师们有了紧迫感和竞争意识。
最后，通过PTN联合项目，还加强了导师间的交流。在一定意义上来说，学生是在科研中交流最多的群体，学生就是科研信息的载体。传统科研体制下，实验室之间的交流很少。PTN联合项目通过学生们的轮转，会加强导师之间、实验室之间以及学术之间的信息的交流，这也就为彼此的合作提供了契机。
学生认为：首先，最大的收获是PTN联合项目开设的课程。学生可以试听课程，对于不好或者不适合的课程，学生可以退选；学生在学期最后可以评价课程；学生还可以为今后PTN联合项目推荐课程。其次，学生认为PTN联合项目能够提供实验室轮转，可以了解更多的实验室研究方向和具体的实验室技术，拓展了自己的研究思想。
2．联合培养工作成效
项目自实施以来，已在学生、教师中取得良好反响，并得到了来自校内外的广泛关注。项目收到的申请人数逐年攀升，2012级的报名人数已达500多人。报名的应届本科生来自全国100多所高校，几乎涵括了全国所有的重点高校，2012级刚录取的80名学生来自全国近50所不同高校。值得注意的是，项目的第三年还吸引到来自加拿大的University of British Columbia的优秀国际学生的申请，说明此项目将来进一步国际化的可能性。
项目最大的特点是3家单位强强联合，互补合作，汇聚了高水平高校和高水平的科研院所在教学和科研方面的优质资源，使项目的学生可以同时享用3家单位的师资、教学和实验室等资源，为学生提供了广阔而优质的学习条件。特别是，科研院所承担大量的国家重大的前沿研究课题，与科研院所联合培养方式，可以弥补高校单独培养博士生在科研实践能力方面的不足，有利于提高博士生的科研创新能力。
项目同时促成了3家单位在学术研究上的深层次合作，对于我国生命科学学科发展具有积极的推动作用。
3．联合培养工作综合评述
项目已运行三年多，完成了4届博士生的招生工作。根据前两届博士生的课程学习、实验室轮转等具体环节的实施情况来看，项目工作进展顺利，总体运行情况良好，已达到项目在对应阶段的初步预期目标。整体项目一直在优化中，随着项目推进，第一批学生大部分已进入开题阶段，各种细节问题都有可能出现，也有一些需要调整和解决的细节如住宿、图书卡、学位证书印制等，本着以学生为本的理念，这些问题已得到三方重视，正在进一步商榷中。
项目对生命科学研究领域的博士生培养模式进行了创新探索，三家单位几年来的联合培养实践得到了学生、教师的一致肯定和赞赏，可反映出高校与科研院所进行联合培养是我国高等教育协同创新的典型，对于切实提高高层次创新人才培养质量具有重要的意义。
项目在实践的过程中，培养单位均感受到联合培养工作的关键和重点在于各培养方要共同参与并加强合作与沟通。各培养方要共同制定招生、培养、管理等各项制度，综合考虑各方培养要求、培养特色及项目总体要求，才能充分聚集、合理统筹和利用培养资源，满足各方培养要求。同时，各培养方要进行深层次的沟通与合作，不仅是管理部门之间的沟通，也不仅是课程、实验室等学习条件的共享，更重要的是各方导师之间、学生之间，以及导师与学生之间的合作与沟通。只有各培养方之间建立深度的合作与沟通关系，联合培养工作才能顺利推进并取得预期实效。
合作三方通过该项目及其他与科研机构联合培养项目的开展，深刻认识到科教结合、协同育人是培养研究生创新能力、提高研究生培养质量的重要举措。三方将继续积极探索，认真实施，努力做好高层次创新人才的培育工作。
创新点描述
创新1：PTN联合项目集中国内最优质的教学科研资源，与国际一流大学接轨。以学生为本，实现体制创新，由PTN联合项目委员会全面负责自主招生、培养、管理和毕业等工作。
PTN联合培养项目整合3家单位在生命科学研究领域的优势，探索新型、与国际接轨的博士研究生招生和培养机制，培养一流生命科学工作者，同时也促进3家单位在学术研究上的深层次合作。
PTN联合培养项目打破传统培养过程中的弊端，以学生为本，实现体制创新。由北京大学、清华大学和北京生命科学研究所的3位负责人饶毅、施一公和王晓东等3位学者组成PTN联合项目顾问组。具体实施由3家单位的各3位共9位教授组成PTN联合项目委员会，该委员会下设3个分委员会，分别是：招生委员会、课程委员会和培养委员会。招生委员会由来自3家单位的各1名教授组成，主要负责每年的4、5月份的招生宣传，到6月份从各地学生递交的申请材料中，组织3家教授进行初筛，然后7、8月份组织面试等工作。课程委员会也是由来自3家单位的各1名教授组成，主要负责遴选导师上报的课程，目前按照两层次实施模块化教学组织。培养委员会也是由3家单位各1名教授组成，主要负责学生的实验室轮转、博士生资格考试、学生论文指导委员会，以及未来的学位答辩委员会的组织和管理工作。
PTN联合项目的行政事务管理由1名设在生命所的专职秘书和北京大学、清华大学的兼职教务组成的PTN联合项目办公室具体执行。项目办公室在项目委员会指导下，负责联合项目的日常管理、3家单位间的沟通协作、与学生及教师的沟通等工作。
创新2：实行招生中的申请审核制度，重点考核学生学科基础知识和科研潜力。引入申诉制度，逐步改善生源结构，增强对学生吸引力，向国际化发展。
PTN联合项目为博士研究生培养提供良好环境和条件，实行招生中的申请审核制度。具体来说，由PTN招生委员会联合发布招生简章；招生委员会根据申请者本科成绩单，英语四、六级成绩、专家推荐信、自述等遴选出相对优秀的申请人进入面试考核环节。考核一般安排在每年的7、8月份，分两次进行，期间正逢3家单位各自组织暑期夏令营活动，一般在夏令营里会进行PTN联合项目宣传。
面试小组由5～7位来自3家单位的教授组成，考核学生的基础知识准备和学术研究潜能，招生委员会根据学生的面试成绩排名由高到低录取优秀学生。这种招生方式能够综合多位老师对学生的评价和判断，规避了单个导师对学生评价的偏颇。
对于没有得到面试考核机会的申请者，招生委员会还引入了申诉制度，在最大程度上为录取到真正有潜力的优秀学生提供了机制上的保证。在2011年的招生中，有24名学生申诉，最终5名通过申诉，参加第二批面试；在2012年的招生中，有45名学生申诉，最终18名通过申诉，参加第二批面试。
面试一星期内将发放联合项目初步录取通知。接到初步录取通知的考生在经过慎重考虑后，须在规定时间前决定是否接受录取，并和联合项目签订录取意向书。已签订录取意向书的考生在无特殊原因的情况下应遵守承诺按时入学，以避免给联合项目招生带来不必要的工作难度。
第二年6月对已签订录取意向书的考生进行资格复审，复审内容在初步录取通知上有详细说明，通过者发北京大学或清华大学研究生院报到注册要求的正式录取通知书，资格复审未通过者不发放正式录取通知书。
这种操作方式已经吸引到国际学生申请，PTN联合项目向国际化发展。
创新3：借鉴国际通行做法，构建基于前沿的课程模块动态优化机制，调动导师和学生双方积极性。
PTN联合项目结合国外优秀大学的课程设置情况，设计新型的研究生课程体系，具有分层次、模块化的设置特点，既覆盖生命科学领域重要的基础知识，同时引入本领域及相关领域的最新前沿动态。专业课程设置分两类，第一类为专业基础课，第二类为讨论进展课，每类课程采用模块设置。
第一类课包含现代生物学基础1和现代生物学基础2两门课，这两门课围绕生命科学领域的各大学科，如生物化学、生物物理学、细胞生物学、遗传和发育学、神经生物学、系统生物学等设置16个模块，每个模块一般由一名教授主讲一个专题。研究生可以根据自己的水平、兴趣和专业方向选择模块，选修通过其中12个模块即可获得该类课程的学分。
第二类讨论进展课分4个方向，分别是：① 分子细胞生物学进展；② 遗传发育生物学进展；③ 分子生物学专题讨论；④ 遗产发育生物学专题讨论。每个方向由不同老师结合其专业背景提供的约12个模块组成，研究生根据自己需要从中选择6个模块。
模块化课程的选修制度，不仅充分地考虑了学生的兴趣，给予了学生极大的选择自由度；同时，由于项目规定导师必须承担项目的授课任务，教师承担着本人被学生选为导师、讲授课程被学生选择的双重压力，激发了教师对课程教学的更深投入，不仅有利于提高课程质量，同时有利于教师的个人成长。
创新4：开展广泛的实验室轮转制度，导师与学生双向选择。
PTN导师确定取决于“师生双向选择”。第一，要成为PTN联合项目导师，教授必须向PTN课程委员会提供每学期8课时模块课程，教授一般结合自己的研究方向，在专业基础模块和前沿讨论课模块提交自己上课的大纲，经过课程委员会的综合考虑。委员会根据开课方向中模块组合的系统性、关联性等，筛选开设课程。每学期所有课程结束后，学生将评价和推荐课程。
第二，要成为PTN联合项目导师，教授还要接受学生进入实验室轮转。每一名学生原则上必须完成3轮有效轮转，每轮轮转时间为两个月，由轮转导师考核通过计为1轮有效轮转。轮转分为正式（开学后的轮转，以及老师和学生都同意作为正式轮转的本科四年级毕设）和非正式轮转（老师和学生没有约定为正式轮转的毕设，但需要导师开具非正式轮转证明）。2012年开始要求每个实验室最多一共可以有4个正式轮转的学生，每个学生的最终轮转（包括正式和非正式），必须在3家单位中的每家至少有一次。3轮轮转后仍不能确定导师的学生，需提交报告，经培养委员会同意后，可以进行第4轮轮转。第4轮轮转后仍不能确定导师者，由培养委员会决定学生的去留。
导师和学生确定师生关系后，签订最终选择的协议书，规定导师与学生之间的权利与义务。
学生在实验室轮转中，不仅接触到学科前沿，而且作为前沿信息载体，促进院所、导师间、实验室间的前沿信息沟通与交流。同时，院所间、导师间在合作基础上形成良性竞争环境，持续促进生命科学领域的交流与沟通，调动导师上课和指导学生的积极性，保持和提升生命科学国际前沿地位。
目前，PTN联合项目已经产生辐射作用，在CLS项目中，也已经开展模块化教学和实验室轮转。
创新5：在博士生资格考试、中期考核和学位论文答辩中，均实施导师回避制度，依据专家委员会决议考察学生水平。
PTN联合项目学生在入学第二学年底，进行博士生资格考试。资格考试内容可以与学生论文选题一致。论文选题一般由导师负责，项目培养学生和论文工作的经费均从科研经费中来，所有学生在第二学年下学期参加博士生统一资格考核，考核由5位教授组成的考核小组执行，考核内容除鉴定学生的知识掌握情况外，更重要的是看学生是否具有良好的研究思维和一定的解决科研问题的能力。考核通过的学生将正式转为博士研究生继续培养，未通过的学生在第三学年上学期参加第二次考核。两次考核都未通过的学生可选择继续攻读硕士研究生或退学。
每一名研究生在通过博士资格考核后，成立包括其导师在内的熟悉其课题情况的3～5名教授组成的论文指导小组，小组成员至少包括1名三方之外的外单位老师。该研究生应每年向其论文指导小组至少作一次的课题进展情况汇报（书面和口头），论文指导小组老师应尽可能对该研究生的课题提出建设性意见，以帮助该研究生尽快取得课题进展。
研究生在4个学年结束后，征得导师和培养委员会同意，可申请毕业论文答辩，但具体毕业和授予学位时间服从北京大学或清华大学学位管理的具体要求。
案例撰写联系人：贾爱英（北京大学研究生院）
刘慧琴、钟晓征（清华大学研究生院）
李辉（北京大学生命科学学院）
张宏（清华大学生命科学学院）
李学真、袁芳（北京生命科学研究所）